Mit dem Ziel einer verbesserten strategischen Ausrichtung für zukünftige Forschungsprojekte, DFG-Initiativen, EU-Anträge oder Allianzen zur Stärkung der translationalen Virusforschung sowie der gemeinsamen Nutzung von Technologieplattformen, setzt das HPI auf Kooperationen mit thematisch verwandten universitären sowie außeruniversitären Partnerinstitutionen. Wichtig ist dabei die Einbindung des HPI in regionale und nationale Forschungsverbünde wie CSSB und DZIF sowie die Integration und Verbindung der wissenschaftlichen Aktivitäten des Instituts mit anderen Instituten wie dem Bernhard-Nocht-Institut für Tropenmedizin (BNITM) und dem Forschungszentrum Borstel (FZB) oder dem Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf (UKE).
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