Sequenzier-Angebot

Die Technologieplattform bietet vornehmlich Services für HPI-interne Projekte an, unterstützt jedoch auch eine Reihe kollaborativer Forschungsprojekte mit externen Partnern. Setzen Sie sich gerne mit uns in Verbindung, falls Sie Interesse an der Durchführung eines solchen Projektes haben.

Routinemäßig führen wir  die nachfolgend aufgelisteten Sequenzier-Analysen durch. Neben diesen etablierten Standardmethoden sind wir auch gerne bereit, gemeinsam mit Ihnen neue Protokolle zur Beantwortung besonderer wissenschaftlicher Fragestellungen zu erarbeiten.

  • Transkriptom- / Genexpressionsanalysen (mRNA-Seq)
  • Shotgun Sequenzierung  von Gesamt-RNA (RNA-Seq)
  • Genomsequenzierung von aufgereinigten Viren und Bakterien bzw. Metagenomanalysen
  • Epigenetische Analysen zu DNA-Methylierung (MeDIP-Seq) und DNA-Protein Interaktionsanalyse (ChIP-Seq)
  • Analyse von microRNAs und anderen kleinen RNA-Molekülen
  • PCR Amplikon Sequenzierung, beispielsweise von 16S ribosomaler bakterieller RNA oder T-Zell Rezeptoren
  • Gezielte Sequenzierung genomischer Teilregionen (beispielsweise zur Identifizierung viraler Integrationsstellen)

Mit den eingehenden DNA- oder RNA-Proben erfolgt, entsprechend der jeweiligen Anwendung mit einem geeigneten Kit, die Herstellung sequenzierfähiger Libraries inklusive individuellem Indexing. Auf Wunsch kann die Library Herstellung auch selbst durchgeführt werden. Für die Sequenzierung der generierten Libraries verwenden wir das für die Anwendung am besten geeignete Sequenzier-Gerät.  Auf Wunsch bieten wir eine detaillierte bioinformatische Auswertung der Sequenzier-Daten an.

Qualitätskontrollen werden während des gesamten Workflows durchgeführt. Wir werden Sie unverzüglich informieren, falls eine Probe einen bestimmten Test nicht besteht (z.B. aufgrund nicht ausreichender RNA-Qualität) und das weitere Vorgehen mit Ihnen besprechen.